'헤이세이의 홈즈'[5]라 불리며 미궁에 빠진 사건을 수없이 해결해 나간 쿠도 신이치가 어느 날 의문의 괴한들이 강제로 먹인 약에 의해 어린 아이가 되고, 신분을 숨기고 그들의 정체를 파헤쳐 나가는 이야기.[6] 잘나가는 고교생 명탐정 쿠도 신이치는 소꿉친구 모리 란과 트로피컬 랜드로 놀러왔다가 수상한 거래 현장[7]을 목격한다. 이후 같이 온 란을 먼저 가라고 등떠밀고 몰래 숨어서 현장을 지켜보는데, 거래 현장에 정신이 팔린 나머지 등 뒤에서 다가오는 진의 존재를 알아차리지 못하고 그가 휘두른 방망이에 머리를 맞고 쓰러진다. 이후 진은 의식을 잃어가는 신이치의 입안에 정체 모를 알약을 넣고는 사라져 버린다. 한참 후, 놀이공원에 순찰을 다니던 경비원들에게 발견되어 깨어났는데, 그들이 자길 '꼬마'라고 부르자 황당해했고[8] 입고 있던 옷이 헐렁해진 걸 보고서는 더욱 당황한다. 일단 현장에서 도망치다가 유리에 비친 자신의 모습을 보고 결국 자신이 고등학생의 의식을 가진 채 몸만 어린아이로 변했다는 걸 알게 됐고, 자신의 집에 가 해결책을 찾으려고 했지만 키가 작아진 탓에 문을 여는 일도 힘든 상황. 다급히 평소 친하게 지내던 옆집의 아가사 박사를 데려와 도움을 요청한다. 처음엔 아가사 역시 눈앞에 있는 꼬맹이가 바로 얼마 전까지 고등학생이었던 이웃 신이치란 걸 믿지 못했지만, 그가 하는 이야기[9]를 듣고 그의 정체가 신이치란 걸 믿게 된다. 이후 아가사는 신이치에게 '네가 신이치라는 것을 동네방네 떠들고 다니면 너는 물론이고 다른 사람들까지 위험해질 것'이니 정체를 철저하게 숨기라고 한다. 처음엔 어리둥절하던 신이치 역시 곧 이를 이해한다. 그때 집에 초인종이 울린다. 벨을 누른 사람은 갑자기 사라진 신이치를 걱정한 란이었는데, 란은 작아진 신이치를 보고 무척 귀엽게 생겼다면서 이름이 뭐냐고 묻는다. 당황한 신이치는 옆에 있던 책에 적힌 '에도가와 란포'와 '코난 도일'이란 이름을 보고는[10] '코난(에도가와 코난)'이라고 말해버린다. 이후 아가사는 신이치를 '친척네 아이, 코난'이라고 소개했고, 자기가 늙은지라 아이 보는 것이 힘드니 당분간 돌봐달라고 란에게 부탁한다. 그때부터 신이치는 '코난'이라는 가명으로 란네 집의 객식구가 된다.
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